氢吗啡酮可用于多科室中至重度疼痛，有时用于镇咳和镇静。
氢吗啡酮主要适用于，围手术期中、重度疼痛的镇痛（如术后镇痛）、慢性疼痛、急性疼痛、肿瘤疼痛、临终宽慰治疗（姑息治疗）、有时用于镇咳和镇静。
麻醉科：由于氢吗啡酮自身药动学特点，对循环系统的稳定性不及瑞芬舒芬，镇痛效能的不足（为芬太尼的1/10、舒芬的1/100），故不推荐在全麻手术中作术中维持，但可考虑在瑞芬术中维持停药后，爆发性疼痛的控制。术后镇痛泵注可参考推荐剂量使用。
合理用药——疼痛科用药
急性疼痛（胆结石、肾结石、创伤、烧伤等），可按如下用药方法：
（1）急性疼痛患者，盐酸氢吗啡酮注射液2mg规格一支，加生理盐水10ml，分4次给药，首先3ml（0.5mg）静脉推注，间隔15分钟后，视患者疼痛情况，按需每次续给3ml，视具体情况加减用量。不良反应少见，一般为一过性眩晕、恶心呕吐，可酌情对症处理。
（2）急性疼痛患者也可一次性肌肉注射1/2支（2ml：2mg），视疼痛情况，按需1/2支间断肌肉注射维持，副作用一般为一过性，可 酌情对症处理。
合理用药——急诊科用药
急诊科处理结束，转科治疗可行静脉滴注进行维持，配方如下：250ml生理盐水+盐酸氢吗啡酮注射液2mg规格一支，以60~80滴/分滴速持续静脉滴注，视具体情况调整滴速，不良反应酌情对症处理。
合理用药——儿科用药
氢吗啡酮在儿科的推荐用量：
年龄小于6个月：皮下/静脉 按每4~6h每公斤体重0.005mg给药
年龄大于6个月，体重小于50公斤：皮下/静脉 按每4~6h每公斤体重0.015~0.02mg给药；或静脉每小时每公斤体重0.006mg
年龄大于6个月，体重大于50公斤：皮下 按每4~6h 0.5~1mg给药； 静脉每2~4h 0.2~0.6mg给药；或静脉每小时0.3mg给药
儿童持续静脉/硬膜外：按每小时每公斤体重1ug(0.001mg)给药
儿童PCA：每8-15分钟每公斤体重2~4ug给药，背景注射 每小时每公斤体重1~5ug
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